تدور أحداث مسلسل أستاذ ورئيس قسم، حول شخصية أستاذ جامعى يساري الفكر يعمل في كلية الزراعة، وثائر على الأوضاع السياسية قبل ثورة 2011.
ويواجه هذا الأستاذ الذي يؤدي شخصيته النجم عادل إمام، مشكلة في زواجه بسبب عدم إنجابه، ويخوض أحداث ثورة 25 يناير ويتزامن ذلك مع انفصاله عن زوجته بسبب عدم الإنجاب وخوضه تجربة تولي منصب حكومي كبير في الفترة التي تلت ثورة 25 يناير ويخوض بعد توليه المنصب صراعات شخصية تتزامن مع مفاجآت شخصية جديدة وصادمة تظهر في حياته..